桂林市已建立12个自然保护区,总面积42.7万公顷,占全市国土面积的15.36%,其中国家级自然保护区4处(猫儿山、花坪、千家洞、银竹老山资源冷杉国家级自然保护区),自治区级自然保护区7处(海洋山、青狮潭、银殿山、寿城、架桥岭、建新、五福宝顶自治区级自然保护区)。自然保护区集中在龙胜、兴安、资源、灵川、恭城、临桂、灌阳、阳朔、全州、永福、荔浦11个县。自然保护区类型主要以森林生态系统类型为主,其面积占自然保护区总面积的98.86%,野生动物类型占1.13%,地质遗迹类型面积25.04公顷,总体形成了布局合理、类型较为齐全、功能相对完备的自然保护区网络。桂林森林资源丰富,树种资源种类繁多,全市共有维管束植物249科,1103属,区域内已知高等植物有2000多种。树种资源有用材林、经济林、竹类、防护林(含水源林)、绿化树种和石山树种等,其中银杉、桫椤为国家一级保护植物。林副产品资源有松脂、烤胶原料、干果、香菇、木耳、棕皮、罗汉果等。野生动物繁多,陆栖脊椎野生动物约545种,其中两栖类36种,爬行类58种,鸟类375种,兽类76种。属国家重点保护的珍稀濒危动物69种,包括黄腹角雉、白颈长尾雉、金雕、蟒蛇、豹、云豹、林麝7种国家一级重点保护动物(数据来源:《陆生野生动物资源调查与监测研究报告》自治区林业局2001年编)。
截至2017年,桂林市已成功创建国家级生态乡镇16个,自治区级生态县(区)6个,自治区级生态乡镇116个,自治区级生态村183个,市级生态村1398个。桂林市生态创建工作名列全区前茅。