桂林市主要航运江河有漓江、桂江、湘江、洛清江、资江、寻江、百寿河等7条,航道里程共541公里,其中通航里程175公里。漓江、桂江是桂林市重要的通航河流,辖区通航175公里,经梧州流入珠江通外海。
截至2017年底,全市共有港口码头188个,其中:旅游码头15个,货运码头3个,便民码头170个;营运船舶384艘,其中:客船264艘(旅游船舶207艘),货船84艘。